Merasa puas dengan gelarnya sebagai “Anak Laki-Laki Terkuat di Dunia,” Baki Hanma menghabiskan hari-harinya dalam kebosanan. Setelah akhirnya menyelesaikan perseteruan dengan ayahnya yang jahat, Yuujirou, Baki mempertahankan gelarnya di Arena Bawah Tanah Kourakuen sambil menahan rasa kantuk karena mudahnya ia mengalahkan para penantangnya. Teman-teman dan mentor Baki juga berjuang dengan ketenangan baru ini, menyelesaikan latihan kekuatan yang hebat dengan sedikit antusiasme. Tak lama kemudian, Jepang diguncang oleh terungkapnya sebuah eksperimen ilmiah yang telah lama direncanakan yang menghasilkan kloning samurai legendaris Musashi Miyamoto. Prajurit terkenal itu menikmati menguji kekuatannya melawan Baki dan ikon petarung Tokyo lainnya, tetapi ia kesulitan beradaptasi dengan era modern. Miyamoto berpegang teguh pada cita-cita kuno tentang kehormatan dan duel sampai mati, sebuah filosofi yang bertentangan dengan masa kini yang lebih tenang. Saat pendekar pedang yang bangkit dari kematian itu mencoba naik ke puncak masyarakat asing ini dengan menyingkirkan teman-teman Baki, ia mendapati dirinya berbenturan dengan remaja pendendam itu. Baki merangkul kegembiraan ini dan menghadapi saingan barunya secara langsung.
