Ketika organisme luar angkasa yang dikenal sebagai “Savage” menyerang umat manusia, satu-satunya teknologi yang mampu memerangi musuh adalah senjata yang dikenal sebagai “Seratus.” Seorang yang selamat dari serangan Savage, Hayato Kisaragi adalah seorang remaja yang membanggakan tingkat kompatibilitas tertinggi dengan teknologi yang disebutkan di atas. dan sebagai hasilnya, diundang untuk menguasai keterampilannya di Little Garden, akademi militer bergengsi di atas kapal perang. Selama pelatihan intensifnya untuk pertempuran di depan, ia segera menarik minat banyak teman sebaya perempuan dan terlibat dalam sejumlah insiden saat ia mencoba untuk bertarung melawan makhluk yang sekarang menghuni Bumi dan mengancam keselamatannya.
