Dengan kemunculan virus misterius yang membunuh semua orang di atas usia 13 tahun, umat manusia menjadi budak dari para vampir yang sebelumnya sangat haus kekuasaan yang muncul untuk menaklukkan masyarakat dengan janji melindungi para penyintas, dengan imbalan sumbangan darah mereka. Di antara mereka yang selamat adalah Yuuichirou dan Mikaela Hyakuya, dua anak laki-laki yang ditawan dari panti asuhan, bersama dengan anak-anak lain yang mereka anggap keluarga. Tidak puas diperlakukan seperti ternak di bawah pemerintahan kejam vampir, Mikaela menetas rencana pelarian pemberontak yang pada akhirnya pasti gagal. Satu-satunya yang selamat yang keluar di sisi lain adalah Yuuichirou, yang ditemukan oleh Moon Demon Company, sebuah unit militer yang didedikasikan untuk memusnahkan para vampir di Jepang. Bertahun-tahun kemudian, sekarang menjadi anggota Tentara Iblis Kekaisaran Jepang, Yuuichirou bertekad untuk membalas dendam pada makhluk yang membantai keluarganya, tetapi berapa biayanya? Owari no Seraph adalah anime shounen supernatural pasca-apokaliptik yang mengikuti pencarian seorang pemuda untuk retribusi, sambil berjuang untuk persahabatan dan kesetiaan melawan peluang yang tampaknya mustahil.
