Catatan Surgawi berbicara tentang keberadaan “Seraphim,” sebuah ras makhluk ilahi yang memberikan berkah bagi umat manusia dan sebagai balasannya mereka disembah doa. Mereka yang diurapi dengan kemampuan untuk berinteraksi dengan roh-roh ini dikenal sebagai “Gembala.” Dipuji sebagai pahlawan untuk penampilan cepat mereka di saat krisis, sementara juga ditakuti untuk kekuatan mereka, Gembala dicetak dalam cerita rakyat bersama dengan Seraphim. Sorey adalah manusia muda yang telah menghabiskan seluruh hidupnya hidup dalam harmoni bersama Seraphim di desa Elysia. Terpesona oleh mitos Celestial Records, ia menjelajahi beberapa reruntuhan di dekatnya dengan Mikleo — rekan Seraphim masa kecilnya — berharap untuk mencerahkan dirinya sendiri tentang sejarah Seraphims bersama umat manusia. Sayangnya, mereka terjebak di kedalaman situs bersejarah selama penyelidikan mereka. Saat mencari jalan keluar, mereka menemukan seorang gadis misterius yang mati-matian mencari bantuan Gembala untuk menyelamatkan dunia, yang berada di ambang dikonsumsi oleh kegelapan. Terlepas dari peringatan Mikleo tentang melakukan kontak dengan manusia lain, Sorey memutuskan untuk membantu orang asing itu, yang tanpa sadar membawanya lebih dekat ke mimpi hidup berdampingan secara damai antara manusia dan Seraphim.
